2006年，之前列腺肝癌序列布譜（The Cancer Genome Atlas, TCGA）構想以多形連續性膠質(zhì)母細胞膜刺毛（GBM）、肺部鱗狀細胞膜肝癌（LUSC）和卵巢漿液連續性囊腺肝癌（OV）開(kāi)始日前3年的試點(diǎn)工作計劃，2009年~2015年年初告一段落。到計劃總計，TCGA網(wǎng)絡(luò )平臺原始數據研究工作者已描繪了33種之前列腺肝癌并未曾必10,000余由此可知病變的分子結構外觀(guān)上，并度量了很多分子結構甲型。TCGA都有的流行病學(xué)最重要外觀(guān)上代詳見(jiàn)泛化的原始數據整理。為盡可能自始確運用以這些頗具序列外觀(guān)上的海量流行病學(xué)原始數據，最近TCGA順利進(jìn)行一批重大成果，發(fā)詳見(jiàn)在CellPress母公司的Journal。

本文對4年末5日發(fā)詳見(jiàn)Cell上的一文來(lái)進(jìn)行PHP。文章闡述以OS（總肉食動(dòng)物期）、PFI（無(wú)方面時(shí)之間延遲）、DFI（無(wú)病時(shí)之間延遲）和DSS（連續性疾病關(guān)的存留）為四個(gè)主要流行病學(xué)結果終點(diǎn)站的TCGA泛之前列腺肝癌流行病學(xué)原始數據能源（TCGA-CDR）準則化原始數據庫系統，并得出結論了每種之前列腺肝癌并未曾必的終點(diǎn)站運用以表示同意。TCGA流行病學(xué)原始數據可從序列原始數據共享自由空之間（GDC）人民網(wǎng)訂閱，所有的分子結構原始數據在訂閱。流行病學(xué)原始數據和分子結構原始數據運用以比如說(shuō)的名片結構，便于病變的流行病學(xué)數據和結果揭示分子結構原始數據為基礎。

TCGA泛肝癌原始數據庫系統隊列外觀(guān)上

布1A為流行病學(xué)原始數據為基礎和研究方法有及4個(gè)主要流行病學(xué)終點(diǎn)站衍生和篩選的流程布,對33份初始登記和97份年初性原始數據文件，共33種之前列腺肝癌并未曾必111,60由此可知之前列腺肝癌病變的數據來(lái)進(jìn)行了妥善處理。詳見(jiàn)1為每個(gè)TCGA隊列的基本外觀(guān)上。按原發(fā)結果揭示根據分子結構外觀(guān)上選入每個(gè)隊列，皮膚黑色素刺毛（SKCM）的原發(fā)和分散兩口兩種并未曾必都有，其它極多于數的原發(fā)與分散并未曾必也有原始數據研究。

布1. 流行病學(xué)原始數據為基礎和研究方法有及4個(gè)主要流行病學(xué)終點(diǎn)站衍生和篩選流程布

詳見(jiàn)1. TCGA 泛肝癌隊列外觀(guān)上

流行病學(xué)結果終點(diǎn)站OS、PFI、DFI和DSS

總肉食動(dòng)物期（OS）很最更為重要，優(yōu)點(diǎn)是度量OS血案時(shí)模糊連續性最較低。但運用以OS作終點(diǎn)站顯然壓制流行病學(xué)原始數據研究，因為非肝癌死法未曾必能反映出藥理學(xué)、來(lái)襲連續性或對病患更為嚴重。運用以OS或即可更長(cháng)的隨訪(fǎng)比如說(shuō)之間；很多流行病學(xué)試驗中的，一般來(lái)說(shuō)轉用相對隨訪(fǎng)比如說(shuō)之間較短的DFI或PFI。針對這兩項TCGA流行病學(xué)原始數據，要體認到比如說(shuō)流行病學(xué)隨訪(fǎng)時(shí)之間延遲在來(lái)襲連續性之前列腺肝癌并未曾必結果的最更為重要連續性，因為顯然幾年內就觀(guān)察到流行病學(xué)血案，在幸存者之前已注意到病狀患上或方面。對來(lái)襲連續性較弱的之前列腺肝癌并未曾必，病變在數十乃至幾十年后患上，隨訪(fǎng)期之間顯然無(wú)法觀(guān)察足夠血案以大力支持可靠結果僅供判斷。該研究的用意是篩選TCGA泛肝癌流行病學(xué)檢測的相對優(yōu)勢和過(guò)剩，聘請將來(lái)的研究和防止隨訪(fǎng)時(shí)之間延遲比如說(shuō)之間過(guò)剩等缺陷。

研究全部TCGA流行病學(xué)原始數據后，結論如下：在原始數據可授予時(shí)，OS、PFI及DFI相對粗略，但多數情況下才會(huì )估計DSS。布1B為33種相同之前列腺肝癌并未曾必的OS K-M橢圓。盡管肉食動(dòng)物研究不是TCGA主要盡可能，多數之前列腺肝癌并未曾必肉食動(dòng)物橢圓與過(guò)去篩選相同肉食動(dòng)物終點(diǎn)站的獨立自主原始數據研究基本相同，GBM、OV（2008, 2011）和較低級別膠質(zhì)刺毛（LGG）（2015）的TCGA結果就是最出色由此可知證。PFI、DFI和DSS的K-M橢圓見(jiàn)布1C–1E。

布1 B-E流行病學(xué)原始數據研究

基于每種之前列腺肝癌并未曾必4個(gè)終點(diǎn)站的觀(guān)察比如說(shuō)之間計算出來(lái)少于隨訪(fǎng)比如說(shuō)之間及血案或篩選的中的位比如說(shuō)之間（詳見(jiàn)2）。所有的中的位隨訪(fǎng)比如說(shuō)之間為22.1個(gè)年末，但相同并未曾必之前列腺肝癌該比如說(shuō)之間相似之處前所未曾有；GBM和急連續性髓系癌癥（LAML）最短約12個(gè)年末，而消化道嫌色細胞膜肝癌（KICH）很短約48個(gè)年末。

詳見(jiàn)2 總體中的位隨訪(fǎng)比如說(shuō)之間及4個(gè)終點(diǎn)站的血案與觀(guān)察中的位比如說(shuō)之間

破由此可知運用以的流行病學(xué)結果終點(diǎn)站

流行病學(xué)結果終點(diǎn)站比如說(shuō)取決于原始數據研究盡可能、血案需求量、隊列尺寸和結果原始數據質(zhì)量。將這些方法有和共同開(kāi)發(fā)的其它方法有作為對單個(gè)連續性疾病原始數據庫系統的測試者和必要篩選，得出結論在每種連續性疾病并未曾必中的運用以每個(gè)結果終點(diǎn)站的表示同意及情況（詳見(jiàn)3）。每種之前列腺肝癌并未曾必的肉食動(dòng)物終點(diǎn)站即可要多于通過(guò)一個(gè)主要測試者和必要篩選才被給予。33種肝癌中的的13種運用以全部4個(gè)終點(diǎn)站：胃尿路上皮肝癌（BLCA）、乳頭狀鱗狀細胞膜肝癌（CESC）、結腸肝癌（COAD）、食管肝癌（ESCA）、頭頸部鱗狀細胞膜肝癌（HNSC）、消化道狀細胞膜肝癌（KIRP）、肺部腺肝癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺肝癌（PAAD）、肉刺毛（SARC）、胃腺肝癌（STAD）和睪丸內膜肝癌（UCEC）。相反，不會(huì )一個(gè)終點(diǎn)站的有嗜鉻細胞膜刺毛和副神經(jīng)節刺毛（PCPG）。上皮細胞彌漫大B細胞膜上皮細胞刺毛（DLBC）、LAML和胸腺刺毛（THYM）均一個(gè)終點(diǎn)站；剩余之前列腺肝癌并未曾必2或3個(gè)終點(diǎn)站，但其中的一些持保留意愿。最可靠的是PFI，可無(wú)保留地破由此可知給除LAML（無(wú)原始數據）、DLBC和KICH（果斷運用以）和PCPG（不破由此可知）部份的4種。

詳見(jiàn)3 終點(diǎn)站OS,PFI,DFI及DSS的篩選與破由此可知運用以

證明TCGA-CDR及案由此可知運用

在乳腺肝癌原始數據研究中的，雌激素ER陰連續性病變流行病學(xué)肉食動(dòng)物期病癥比ER+病變更差。分別用OS、PFI、DFI和DSS尤其這兩類(lèi)病變的肉食動(dòng)物期（布3A–3D；橢圓總計于10年隨訪(fǎng)比如說(shuō)之間，但運用以整個(gè)原始數據庫系統來(lái)進(jìn)行研究）。單主因研究揭示，運用以PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）作為流行病學(xué)終點(diǎn)站，TCGA中的ER+乳腺肝癌病變比ER-病變有能夠的肉食動(dòng)物期，但運用以OS時(shí)兩類(lèi)病變之間不存有相似之處(p = 0.097) 。此部份，兩類(lèi)病變的DSS（p = 0.009）有很大相似之處，詳見(jiàn)明DSS的潛在價(jià)絕對值。以上斷定證實(shí)了PFI和DFI是特定并未曾必乳腺肝癌分子結構原始數據研究的合適終點(diǎn)站。

布3 證明和運用實(shí)由此可知

此部份還證明了來(lái)襲連續性GBM肉食動(dòng)物結果終點(diǎn)站。TCGA中的GBM中的位OS為12.6個(gè)年末，介于此之前報道的準則病患的12.1個(gè)年末和準則病患牽頭替莫唑胺的14.6個(gè)年末錯綜復雜。中的位PFI是6.1個(gè)年末，介于此之前報道的準則病患5個(gè)年末和準則病患牽頭替莫唑胺的6.9個(gè)年末錯綜復雜。顯然，TCGA原始數據庫系統OS和PFI血案比如說(shuō)之間與歷史文獻一致。再次印證OS和PFI作為GBM分子結構原始數據研究的流行病學(xué)終點(diǎn)站效度。

用Cox比不下不明確性回歸基本概念明確高期（III、IV期）相對較低期（I、II期）之前列腺肝癌病變的不明確性比（HR），證明4個(gè)終點(diǎn)站的TCGA-CDR原始數據。由于DFI度量與其它結果的度量不一致，對破由此可知運用以OS、PFI和DSS的14種并未曾必之前列腺肝癌尤其logHR（詳見(jiàn)3）。隨后均對滿(mǎn)足Cox比不下不明確性論據的連續性疾病來(lái)進(jìn)行總和（布3E–3G）。結果詳見(jiàn)明，14種并未曾必之前列腺肝癌中的，除之間皮刺毛（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素刺毛（UVM）部份，高期對尤其低期HR在3個(gè)破由此可知終點(diǎn)站OS、PFI及DSS上明顯偏高。轉用類(lèi)推結果揭示的Wilcoxon秩和篩選，當運用以PFI與DSS（p = 0.0008）或PFI與OS（p = 0.039）測算時(shí)，logHR有很大相似之處，揭示連續性疾病方面和肉食動(dòng)物終點(diǎn)站在HR上存有系統誤更差；OS與DSS錯綜復雜不會(huì )很大相似之處（p = 0.106）。對2個(gè)logHR絕對值的準則誤來(lái)進(jìn)行逆平方根明確Pearson自始態(tài)分布， 由logHR估計的3種結果有極很大自始關(guān)的：PFI和OS自始態(tài)分布0.96（95%數學(xué)方法[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS為 0.95（95%數學(xué)方法：0.76–0.99），OS和DSS為0.90（95%數學(xué)方法：0.61–0.98）。這些關(guān)的連續性潛在大力支持流行病學(xué)最初用PFI，后期用OS和DSS來(lái)作終點(diǎn)站。

除了為基礎分子結構原始數據，還嘗試研究首次病患后無(wú)病病變與非無(wú)病病變是否注意到相同的新的血案。TCGA-CDR中的29類(lèi)之前列腺肝癌接收者用以補救該缺陷，劃定病變從確診到順利進(jìn)行首治并超過(guò)無(wú)病完全多于存留3個(gè)年末。以L(fǎng)USC為由此可知，有289由此可知無(wú)病病變和41由此可知曾一度非無(wú)病病變，NTE不下分別為21.8%和68.2%。用Cox比不下不明確性回歸基本概念，斷定在非無(wú)病病變中的NTE不明確性很大極低無(wú)病病變（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR優(yōu)化q絕對值＜0.05）。在另部份21種之前列腺肝癌并未曾必中的也有相同結果（詳見(jiàn)4）。全數7種中的不會(huì )觀(guān)察到這些相似之處。我們也在篩選是否每個(gè)基本概念都滿(mǎn)足比不下不明確性論據，其中的有兩個(gè)不符合，即可要原始數據研究比如說(shuō)之間依賴(lài)及多變量基本概念來(lái)尋找情況。

詳見(jiàn)4 非無(wú)病與無(wú)病病變NTE發(fā)展對比

TCGA從全球數百個(gè)中之間站整理病癥，為補救流行病學(xué)原始數據相同中之間站之間的可比連續性，即可重新的考慮原始數據完備連續性、和病變外觀(guān)上等。對每種連續性疾病而言，我們對比了之前兩名提僅供病癥數最多的許多組織是從中之間站（TSS）與所有其它TSS的同種連續性疾病及4個(gè)結果終點(diǎn)站（詳見(jiàn)5）。

詳見(jiàn)5 對來(lái)自之前兩位TSS的每個(gè)之前列腺肝癌并未曾必原始數據研究結果來(lái)進(jìn)行尤其

對于GBM等富于來(lái)襲連續性的，之前兩位TSS（#1和#2）的病癥癥群與其它TSS相比相同的有OS、PFI和DSS，因血案太多于難以研究不破由此可知DFI來(lái)作終點(diǎn)站。BRCA等較較低來(lái)襲連續性，強力破由此可知運用以PFI和DFI，但表示同意果斷用OS或DSS篩選。TSS #1的流行病學(xué)原始數據激發(fā)更更差的OS和DSS，但不會(huì )觀(guān)察到PFI相似之處；另部份，詳見(jiàn)面上TSS#1有能夠的DFI結果，均注意到3由此可知 DFI血案。這種詳見(jiàn)里不一的成因詳見(jiàn)明該中之間站的結果原始數據即可促使篩選。另一方面，TSS #2的4個(gè)終點(diǎn)站結果與其它地方一致。

這個(gè)尤其簡(jiǎn)單的結果尤其詳見(jiàn)明，當從特定結果研究整體而言TCGA的流行病學(xué)原始數據時(shí)，即可要重新的考慮TSS的頗確切接收者。由于比不下、再行/分級及病患等主因受到影響相同TSS患病癥群的終點(diǎn)站結果，TSS可以作為這些和不完全流行病學(xué)編者等其它未曾測算相似之處的替代。

潛在的混主因、相互競爭結果的

不明確性及基本概念論據

對流行病學(xué)肉食動(dòng)物終點(diǎn)站研究來(lái)說(shuō)，表示同意運用以所妥善處理的全部流行病學(xué)原始數據。但相比分子結構/序列原始數據的為基礎研究，要注意到兩個(gè)方面。首先，破由此可知意愿基于基線(xiàn)肉食動(dòng)物基本概念，以分子結構甲型作預測遺傳物質(zhì)劃分結果揭示集，有顯然破壞結果總和的很大連續性相似之處。因此，從關(guān)的聯(lián)的TCGA分子結構原始數據或甲型TCGA-CDR結果原始數據中的得出的結論即可在獨立自主的原始數據庫系統中的促使證實(shí)。

第二，我們表示同意均運用以原發(fā)的分子結構原始數據，因為病變初診時(shí)，最更為重要比如說(shuō)之間接收者等匹配的流行病學(xué)原始數據已整理相對完備。皮膚黑色素刺毛（SKCM）在TCGA并未曾必中的更為獨有，470由此可知中的均103由此可知原發(fā)，其余296由此可知為原發(fā)大面積上皮細胞結分散，68由此可知遠端分散。這與很多于整理到分散刺毛的其它TCGA之前列腺肝癌并未曾必形成自然而然。SKCM分散刺毛很多于頗具有匹配的原發(fā)，而其它TCGA之前列腺肝癌并未曾必盡管很多于有分散刺毛，但都頗具有匹配的原發(fā)結果揭示。因此，對于SKCM結果的關(guān)的連續性，表示同意只運用以可用需求量的原發(fā)病癥，盡管SCKM上皮細胞結分散的III期病癥可作為獨立自主組群來(lái)進(jìn)行原始數據研究。

在運用以新的為基礎的TCGA-CDR原始數據庫系統時(shí)，還即可要注意到：潛在誤用主因、相互競爭結果的不明確性及基本概念論據。

混主因

混主因存有但被考慮到在基本概念之部份時(shí)，誤更差顯然遠超過(guò)或顯然真實(shí)。如在乳腺肝癌的族群相似之處原始數據研究中的，非裔與黑人病變錯綜復雜存有最更為重要的特異連續性相似之處，然而根據分子結構甲型來(lái)進(jìn)行優(yōu)化后，這種相似之處很大減多于甚至遺忘。治果也是潛在的混主因，當接收者可獲取時(shí)應適當重新的考慮優(yōu)化。病患未曾知時(shí)，比不下、求醫醫院及確診年份等準則病患作為替代接收者能減多于部分誤更差。對這方面的執行者建模，倡導運用以標志物病癥原始數據研究表示同意分析報告（REMARK）。

相互競爭結果的不明確性

測定DSS、DFI和PFI終點(diǎn)站時(shí)，要對不會(huì )經(jīng)歷最更為重要血案且無(wú)病的幸存者病變來(lái)進(jìn)行評議。在這種情況下，如果論據病變不會(huì )其它死法，那她/他終究仍顯然死于之前列腺肝癌指征。然而，在估計病患等預測遺傳物質(zhì)對繼發(fā)連續性之前列腺肝癌或心血管連續性疾病等非比率之前列腺肝癌幸存者不明確性的預測能力時(shí)，該論據極為可取。

基本概念論據

運用Cox比不下不明確性（PH）基本概念須要篩選PH論據。除多于數案由此可知部份，大多數基本概念都滿(mǎn)足Cox PH論據，但即可促使探討這些醫療事故以找出違背論據的情況，從而對HR毫無(wú)疑問(wèn)更可靠的估計。盡管現在為棄置原始數據和補救缺陷付出了極大希望，但仍存有最更為重要的運用以限制，訪(fǎng)問(wèn)TCGA流行病學(xué)原始數據都須要理解這些限制。

首先，TCGA主要是為分子結構原始數據研究?jì)炔吭O計，最初病癥比如說(shuō)來(lái)自多個(gè)政府機構頗具有合適供給許多組織的未曾病患原發(fā)病癥，因此這些病癥不密切關(guān)的連續連續性。此部份，對于每種相同并未曾必/原始數據研究，隨訪(fǎng)原始數據不會(huì )統一整理。同時(shí)，流行病學(xué)原始數據整理的一些規則在過(guò)去不得不隨著(zhù)比如說(shuō)之間的推移而偏離。TCGA - CDR不都有之前列腺肝癌病患史，并非所有病癥都被編者。因此，研究特定并未曾必或甲型的病患背景優(yōu)于各地區連續性泛肝癌研究。當病變來(lái)進(jìn)行頗確切病患時(shí)，自始因如此他用DFI和PFI終點(diǎn)站合理研究。

其次，TCGA結果揭示流行病學(xué)隨訪(fǎng)根據當地診所的比如說(shuō)之間詳見(jiàn)，顯然為連續性疾病或特定部位的患上和病癥最更為重要生命完全的記錄，因此不會(huì )TCGA指定的流行病學(xué)隨訪(fǎng)構想，均得出結論計劃主要合理化的分子結構外觀(guān)上。

最后，僅僅所有TCGA授予的結果揭示和序列及分子結構原始數據來(lái)自新的診病變原發(fā)的單個(gè)切片，由此激發(fā)的序列和分子結構原始數據不能在自由空之間或比如說(shuō)之間任何方面明確捕獲代詳見(jiàn)另一病變結果變量的異質(zhì)連續性。該缺陷不是TCGA獨有的，任何靜態(tài)原發(fā)連續性原始數據研究都存有。

展望

這項工作是全世界第一次年初系統化妥善處理TCGA泛肝癌流行病學(xué)數據。由此激發(fā)的TCGA-CDR的結果終點(diǎn)站與獨立自主非TCGA原始數據研究結果一致，陳述該能源在空之前規模的流行病學(xué)微觀(guān)上提僅供了生物觀(guān)測新的視角。也要體認到TCGA-CDR的內在運用以普遍連續性及最更為重要聘請和破由此可知意愿?，F在更為嚴謹，人類(lèi)連續性疾病未曾來(lái)大規模的分子結構原始數據研究須要系統化整理流行病學(xué)組織學(xué)、病患和轉歸血案原始數據，以堅信最高準則的流行病學(xué)原始數據研究。盡管有其普遍連續性，TCGA-CDR提僅供了準則化原始數據庫系統，以及模糊的4個(gè)流行病學(xué)結果終點(diǎn)站導出，并補救了質(zhì)量缺陷，從而在泛肝癌和母體程度上來(lái)進(jìn)行轉化原始數據研究。未曾來(lái)原始數據原始數據研究的交融將提高結果錯綜復雜的可比連續性，能夠地解釋和大力支持重復。

參考數據

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics